Arrêts de travail : ce qui va changer à partir de septembre 2026
Le Gouvernement poursuit sa volonté de mieux encadrer les arrêts de travail et de contenir l’augmentation des dépenses liées aux indemnités journalières de Sécurité sociale.
Plusieurs mesures issues de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 entreront prochainement en vigueur. Elles concernent à la fois la durée des arrêts maladie et l’indemnisation des accidents du travail et des maladies professionnelles.

Des arrêts maladie désormais encadrés
À compter du 1er septembre 2026, les professionnels de santé devront respecter des durées maximales pour les arrêts de travail prescrits en raison d’une maladie ou d’un accident non professionnel.
Concrètement, un arrêt initial ne pourra pas dépasser 31 jours. En cas de prolongation, la durée maximale sera fixée à 62 jours.
L’objectif affiché est de renforcer le suivi des arrêts de travail tout en conservant une certaine souplesse. En effet, lorsque la situation médicale du patient le justifie, le médecin pourra toujours prescrire un arrêt plus long à condition de motiver sa décision.
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Un suivi renforcé pour les arrêts de longue durée
Autre nouveauté : lorsque la durée d’un arrêt dépasse trois mois, le professionnel de santé pourra solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance maladie.
Cette possibilité vise à accompagner les situations les plus complexes et à favoriser un meilleur suivi des arrêts prolongés.
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Une évolution également pour les accidents du travail et maladies professionnelles
La réforme touche également les salariés victimes d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle.
Pour les sinistres intervenant à compter du 1er janvier 2027, les indemnités journalières versées pendant l’arrêt de travail seront limitées à une durée maximale de quatre ans.
Aujourd’hui, ces indemnités peuvent être versées jusqu’à la guérison ou à la consolidation de l’état de santé. Demain, lorsqu’aucune de ces situations n’interviendra dans ce délai de quatre ans, l’incapacité sera considérée comme permanente et donnera lieu à une indemnisation selon les règles applicables en matière d’incapacité permanente.
Une nouvelle période de quatre ans pourra toutefois être ouverte lorsqu’un salarié aura repris son activité pendant au moins un an avant de connaître un nouvel arrêt lié au même accident ou à la même maladie professionnelle.
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Quel impact pour les employeurs ?
Ces nouvelles règles ne modifient pas directement les obligations de l’employeur en matière de gestion des absences. Elles traduisent néanmoins un renforcement du contrôle des arrêts de travail et pourraient avoir des conséquences sur le suivi des salariés absents sur de longues périodes.
Les entreprises ont donc tout intérêt à rester attentives à ces évolutions, notamment dans le cadre du maintien dans l’emploi, de l’organisation des remplacements ou encore de l’anticipation des reprises d’activité.
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Nouveautés arrêts de travail septembre 2026 : À retenir
À partir du 1er septembre 2026, les arrêts maladie seront soumis à des durées maximales de prescription de 31 jours pour un arrêt initial et de 62 jours pour une prolongation, sauf justification médicale particulière.
Par ailleurs, à compter du 1er janvier 2027, les indemnités journalières versées au titre d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle seront plafonnées à quatre ans.
Ces mesures s’inscrivent dans une tendance de renforcement du pilotage des arrêts de travail et de maîtrise des dépenses de protection sociale.
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